Став независимым государством в сентябре 1991 года, Таджикистан столкнулся с проблемами внутреннего характера, приведшим в 1992 году к гражданской войне, которая длилась до 1997 года.

Несмотря на то, что уже в 1992 году Душанбе присоединился к Совету североатлантического партнерства, который позже (в 1997 году) был реорганизован в Совет евроатлантического партнерства, Таджикистан не спешил включаться в работу с программой «Партнерство ради мира» (ПРМ), разработанной НАТО в 1994 году для укрепления практического взаимоотношения со странами, не входящими в альянс. В тот период Душанбе придерживался настороженной позиции в отношении Североатлантического союза, отдавая предпочтение сотрудничеству с Россией, которая сыграла значительную роль в разрешении внутриполитических проблем и окончанию гражданской войны в Таджикистане.

Таджикистан присоединился к ПРМ лишь в 2002 году, в отличие от своих соседей -Туркменистана, Казахстана, Кыргызстана и Узбекистана, которые включились в эту Программу с момента ее принятия в 1994 году. Став участником ПРМ, Душанбе стал развивать сотрудничество с альянсом в вопросах, представляющих взаимный интерес. В частности, подразделения вооруженных сил этой страны стали принимать участие в учениях, проводимых в рамках этой Программы. В ходе них особое внимание отводится вопросам боевого управления и взаимодействия в чрезвычайных условиях. Правительство Таджикистана даже подготовило список частей и подразделений, готовых к участию в операциях и учениях НАТО. Помимо этого представители министерства обороны Таджикистана стали приглашаться на семинары и конференции, посвященные вопросам миротворчества, гуманитарного разминирования и правовых аспектов вооруженного конфликта.

Следует отметить, что практическое сотрудничество между альянсом и Таджикистаном осуществляется через Программу индивидуального партнерства (ПИП), которая является рабочим механизмом ПРМ. В тесном контакте со странами-членами НАТО Душанбе проводит реформу национальных вооруженных сил, в рамках которой он стремится установить надежный, эффективный и демократический контроль над армией. Взаимодействие с альянсом помогает Таджикистану в достижении этих целей. Одним из главных направлений сотрудничества между Североатлантическим союзом и Душанбе является подготовка национальных военных кадров для армии Таджикистана.

В настоящее время даже рассматривается возможность внедрения стандартов альянса в программы военного образования в этой стране. Специалисты альянса уже подготовили саперов для ВС Таджикистана и обучили местных военных приемам борьбы с незаконным оборотом наркотиков. Альянс оказывает помощь Таджикистану также в создании местной структуры МЧС. НАТО и Таджикистан ведут совместную работу по разработке системы раннего предупреждения о стихийных бедствиях. Планируется, что Душанбе в скором времени присоединится к Программе планирования процессов и анализа (ППА), которая считается более высокой ступенью сотрудничества в рамках ПРМ.

Таджикистан оказывает активную поддержку альянсу в Афганистане - через его территорию проходят невоенные грузы НАТО, а в аэропорту Душанбе дислоцирована группа ВВС Франции, которая оказывает непосредственную поддержку своим войскам, задействованным в Международных силах по поддержанию безопасности в Афганистане (ИСАФ) (в настоящее время Париж ведет переговоры с Душанбе о возможном продлении срока своего пребывания на этой базе после 2014 года). В свою очередь НАТО помог Душанбе переоснастить таджико-афганскую границу, укрепить погранзаставы и построить мост через реку Пянж. Следует отметить, что Североатлантический союз высоко оценивает уровень сотрудничества Таджикистана с силами НАТО в Афганистане в рамках ПРМ.

НАТО и Душанбе также активно сотрудничают в вопросах борьбы с терроризмом. Североатлантический альянс рассматривает возможность создания на территории этой страны антитеррористического центра, который в будущем может стать не только национальным, но и региональным.

Существует также сотрудничество в научной сфере. Ученные Таджикистана принимают активное участие в работе Научного комитета НАТО и в проекте «Виртуальный шелковый путь», цель которого состоит в том, чтобы улучшить доступ к Интернету сотрудников ВУЗов и научных работников в странах Кавказа и Центральной Азии за счет использования спутниковой сети Североатлантического союза.

Таджикистан и НАТО ведут совместную работу по разъяснению общественности страны пользы сотрудничества с Североатлантическим союзом. Понимание населением целей этого сотрудничества помогает правительству страны осуществлять реформы в сфере обороны и безопасности.

 В последнее время на фоне некоторого ухудшения российско-таджикских отношений, Североатлантический союз активизировал свою деятельность в Таджикистане. В рамках этих усилий НАТО не исключает возможности использования потенциала альянса в реализации гидроэнергетических проектов Душанбе. Североатлантический союз осознает важность укрепления своих отношений с этой среднеазиатской страной, которая имеет протяженную границу с Афганистаном. США и НАТО заинтересованы в создании своих баз в этой стране с тем, чтобы не только контролировать Афганистан, но и сдерживать интересы Китая, Ирана и России.